El "Pozo de Vargas" está ubicado en una finca, a la altura de la avenida Francisco de Aguirre al 4.700. Si bien la investigación judicial se inició en 2002, familiares de desaparecidos sospechaban desde mucho antes que allí había funcionado una fosa común clandestina.
Si bien no puede determinarse con exactitud cuántos cadáveres habrían sido arrojados, las versiones de organismos de Derechos Humanos hablan de al menos una centena.
Durante 2011, fueron identificados los primeros restos y se confirmó la hipótesis. Pertenecían al senador provincial Guillermo Vargas Aignasse, por cuya desaparición fue condenado a perpetua el ex gobernador Antonio Bussi. Tras ser secuestrado, había sido visto en el Centro Clandestino de Detención que funcionó en la Jefatura. Luego, en 2012, se identificó a Nilda Zelarayán. La joven militante del Partido Revolucionario de los Trabajadores (PRT) habría estado detenida en el ex Arsenal.
Según fuentes judiciales, se recuperaron restos de un grupo de alrededor de 20 personas que esperan ser analizados. Se cree que aún resta escudriñar entre ocho y 10 metros del ducto, donde estarían los huesos mejor conservados que no habrían sufrido el impacto directo de los escombros con los que se taponó el agujero.
En las excavaciones se recolectaron ladrillos, vigas de madera y bloques de mampostería en los primeros metros. Por ello, los especialistas deducen que se hizo un gran esfuerzo por ocultar lo que se había arrojado en el pozo.
También se hallaron prendas de vestir, balas y vainas servidas.
Los arqueólogos ingresan al lugar, protegido bajo un tinglado, mediante un ascensor. El dispositivo está siendo arreglado tras estar un mes roto.